糞便堆肥是一個好氧過程，堆體中必須有足夠的氧氣才能使好氧微生物正常活動。根據堆肥過程中供氧方法不同以及是否有特製設備，可將堆肥分成以下4種方式：
條垛堆肥：通過定期對條垛進行翻堆實現供氧。
靜態通氣堆肥：在堆體底部或中間安裝帶空隙的管道，通過與管道相連的風機運行實現供氧。
槽式好氧堆肥：使用槽式翻拋機沿著堆肥槽往複運動攪拌給堆體供氧。
容器堆肥：其供氧方式與靜態通氣堆肥相似，但堆肥是在特製的設備（容器）中進行，目前國內外有多種商品化的堆肥產品，如各種堆肥箱（倉）和生物發酵塔等。
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